南隆平种业有限公司的前身为国家杂交水稻工程技术研究中心下设的种子开发部，2003年7月由袁隆平农业高科技股份有限公司（简称隆平高科）及国内种业界精英共同出资设立独立法人单位：湖南隆平高科农平种业有限公司，是集主要农作物种子育、繁、推、销于一体的大型种业公司。2007年5月正式更名为湖南隆平种业有限公司。2012年，注册资金增加到1亿元。

该公司作为隆平高科旗下最大的核心产业子公司，是我国最大的杂交水稻专业化种子公司，致力于以杂交水稻为核心的农作物新品种选育创新和产业化开发，占有全国杂交水稻种子15%的市场份额（隆平高科系统占有全国杂交水稻种子30%的市场）。