新疆冠农果茸股份有限公司是由新疆生产建设兵团农业建设第二师二十八团、二十九团、三十团、农二师永兴供销有限责任公司、农二师天润农业生产资料有限责任公司五家国有法人单位于1999年12月30日联合发起设立的股份有限公司。2003年5月26日经中国证监会核准，成功发行了4000万社会公众股，募集资金2.16亿元。2004年6月，公司实施资本公积每10股转增5股方案，公司总股本由12000万股增至18000万股。2006年5月15日，公司以10送3.2股的对价方案顺利完成了股权分置改革。

公司目前拥有7个控股子公司、2个参股公司。7个控股子公司分别为：新疆冠农果蔬食品有限责任公司、巴州冠农棉业有限责任公司、新疆绿原糖业有限公司、新疆冠农天府房地产开发有限公司、库尔勒冠农绿城果业有限责任公司、新疆冠农进出口有限公司、新疆冠农科技有限公司。2个参股公司为：国投新疆罗布泊钾盐有限责任公司(注册资本5.4亿元，冠农股份持有20.3%的股权)、国电新疆开都河流域水电开发有限公司。公司在做好原有果蔬、制糖、棉花加工、名优特干果等农产品深加工产业的同时，积极面向钾盐、矿产、水电、房地产等其他产业寻求发展。